Genauso, wie die Brücke für die Ausbildung und das Auditing einen sorgfältig abgesteckten Pfad bildet, der Schritt für Schritt zu spiritueller Freiheit führt und aus fortlaufend ansteigenden Stufen besteht, sind auch die kirchlichen Organisationen der Scientology Religion in einer hierarchischen Struktur angeordnet, die diese Stufen widerspiegelt. Auf den unteren Stufen dieser Hierarchie sind einzelne selbstständig tätige Geistliche, Gruppen und Kirchenmissionen, die einführendes Auditing und einführende Ausbildung bieten. Am oberen Ende sind größere Kirchenorganisationen, die die fortgeschrittenen Stufen des Auditings und religiöser Ausbildung bieten.
Eine internationale Kirchenleitung, die für alle Kirchen da ist, leistet Unterstützung und Hilfe und dient der Koordination, um sicherzustellen, dass die von L. Ron Hubbard entwickelte geistliche und spirituelle Lehre der Dianetik und Scientology jedem zur Verfügung steht, der sie erhalten möchte, und dass Scientology genau so angewandt wird, wie Hubbard sie darlegte.
Jede Scientology Kirche ist eine eigenständige Körperschaft und hat ihren eigenen Vorstand und ihre eigenen Führungskräfte, die für ihre eigenen Aktivitäten und ihr eigenes körperschaftliches und kirchliches Wohlergehen verantwortlich sind. Zusammen bilden diese Kirchen ein ausgedehntes internationales Netzwerk aus 5000 Kirchen, Missionen und Gruppen. In diesen Kirchen und Missionen und ihnen nahestehenden Gruppen und Organisationen sind weltweit über 22 000 Scientologen hauptamtlich tätig.